2、从文件打开

Opener opener = new Opener();
ImagePlus imp = opener.openImage("/path/to/image.tif");
imp.show();

3、从URL打开

Opener opener = new Opener();
ImagePlus imp = opener.openImage("http://www.example.org/path/to/image.tif");
imp.show();
以上注意URL 包含http://如何的自动检测并正确解析。如果需要，可以直接调用：

ImagePlusimp=opener.openURL("http://www.example.org/path/to/image.tif");

五、编辑像素

1、运行ImageJ命令方式，这是一个高层次的方法，像素可以通过调用ImageJ的命令编辑图像：

ImagePlus imp = ...
// Making a binary image
IJ.run(imp, "Convert to Mask", ""); // "" means no arguments

// Resizing, opens a copy in a new window (the 'create' command keyword)
IJ.run(imp, "Scale...", "x=0.5 y=0.5 width=344 height=345 interpolate create title=[Scaled version of " + imp.getTitle() + "]");
...
任何ImageJ命令可能被应用。你可以找出哪些命令来使用，哪些参数通过运行插件，并手动调用的ImageJ打开的图像上的菜单命令。2、中级层次编辑方式：ImageProcessor（ROIs/selections）

在图像上绘制或填充ROI（感兴趣区域）：

ImagePlus imp = ...
ImageProcessor ip = imp.getProcessor();

// Assuming 8-bit image

// fill a rectangular region with 255 (on grayscale this is white color):
Roi roi = new Roi(30, 40, 100, 100); // x, y, width, height of the rectangle
ip.setRoi(roi);
ip.setValue(255);
ip.fill();

// fill an oval region with 255 (white color when grayscale LUT):
OvalRoi oroi = new OvalRoi(50, 60, 100, 150); // x, y, width, height of the oval
ip.setRoi(oroi);
ip.setValue(255);
ip.fill(ip.getMask()); // notice different fill method
// regular fill() would fill the entire bounding box rectangle of the OvalRoi
// The method above is valid at least for PolygonRoi and ShapeRoi as well.


// draw the contour of any region with 255 pixel intensity
Roi roi = ...
ip.setValue(255);
ip.draw();

// update screen view of the image
imp.updateAndDraw();
3、ROIs的一些事情：A、有很多selection/ROI类型：Roi（矩形之一，也是所有其它类型的父类），Line, OvalRoi, PolygonRoi, PointRoi, FreehandRoi, ShapeRoi, TextRoi。另外有一些子类型，如PolygonRoi里的POLYGON、POLYLINE 类型。B、大部分的ROI是用于编辑图像非常有用; 一些用于图像分析（Line，PointRoi，TextRoi）。C、最强大的ROI是ShapeRoi：java.awt.geom.GeneralPath支持它，它能够存储任意数量的任何形状的不连续区域的。D、ip.fill(ip.getMask())方法是最安全的，可在各种场合使用，只需要检查ImageProcessor的mask通过getMask()返回的不为null。
旋转，翻转和缩放图像（或者ROI）

ImagePlus imp = ...
ImageProcessor ip = imp.getProcessor();

ip.flipHorizontal();

ip.flipVertical();

ip.rotateLeft();

ip.rotateRight();

// rotate WITHOUT enlarging the canvas to fit
double angle = 45;
ip.setInterpolate(true); // bilinear
ip.rotate(45);

// rotate ENLARGING the canvas and filling the new areas with background color
double angle = 45;
IJ.run(imp, "Arbitrarily...", "angle=" + angle + " grid=1 interpolate enlarge");

// scale WITHOUT modifying the canvas dimensions
ip.setInterpolate(true); // bilinear
ip.scale(2.0, 2.0); // in X and Y

// scale ENLARGING or SHRINKING the canvas dimensions
double sx = 2.0;
double sy = 0.75;
int new_width = (int)(ip.getWidth() * sx);
int new_height = (int)(ip.getHeight() * sy);
ip.setInterpolate(true); // bilinear
ImageProcesor ip2 = ip.resize(new_width, new_height); // of the same type as the original
imp.setProcessor(imp.getTitle(), ip2); // UPDATE the original ImagePlus

// update screen view of the image
imp.updateAndDraw(); ImageProcessor类提供了绘制线条、文字和点等。看看在ImageProcessor的API。
4、低层次的编辑方式：像素数组

ImagePlus imp = ...
ImageProcessor ip = imp.getProcessor();

// Editing the pixel array
if (imp.getType() == ImagePlus.GRAY8) {
byte[] pixels = (byte[])ip.getPixels();
// ... do whatever operations directly on the pixel array
}

// Replacing the pixel array: ONLY if same size
if (imp.getType() == ImagePlus.GRAY8) {
int width = ip.getWidth();
int height = ip.getHeight();
byte[] new_pixels = new byte[width * height];
// set each pixel value to whatever, between -128 and 127
for (int y=0; y<height; y++) {
for (int x=0; x<width; x++) {
// Editing pixel at x,y position
new_pixels[y * width + x] = ...;
}
}
// update ImageProcessor to new array
ip.setPixels(new_pixels);
}

// Replacing the pixel array but of different length: for example, to resize 2.5 times in width and height
int new_width = (int)(ip.getWidth() * 2.5);
int new_height = (int)(ip.getHeight() * 2.5);
ImageProcessor ip2 = ip.createProcessor(new_width, new_height); // of same type
imp.setProcessor(imp.getTitle(), ip2);

if (imp.getType() == ImagePlus.GRAY8) {
byte[] pix = (byte[])imp.getProcessor().getPixels(); // or ip2.getPixels();
// .. process pixels ...
for (int y=0; y<height; y++) {
for (int x=0; x<width; x++) {
// Editing pixel at x,y position
new_pixels[y * width + x] = ...;
}
}
}

// DON'T forget to update the screen image!
imp.updateAndDraw(); 如果要显示的ImagePlus，更新图像只有必须的，

六、保存图像

1、高层次的方式

ImagePlus imp = ...
IJ.saveAs(imp, "tif", "/path/to/image.tif");

// or by using the file format extension:
IJ.save(imp, "/path/to/image.tif");

很多格式都支持。在IJ类里搜索方法"saveAs"2、通过FileSaver类

ImagePlus imp = ...
new FileSaver(imp).saveAsTiff("/path/to/image.tif");该FileSaver类有更多的选择：saveAsTiffStack，saveAsJpeg，saveAsPng，saveAsGif ...等。

这算是ImageJ入门第一篇，介绍一些基本操作，它的扩张机制和实现方式都很值得研究。希望更多的人参与进来。

来自为知笔记(Wiz)

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